El Zoológico Amaru se especializa en el manejo, conservacion y exhibición educativa de los anfibios, reptiles, peces e invertebrados nativos del Ecuador. Este centro posee una colección publica educativa que alberga a más de 100 especies diferentes de animales, entre las especies mas destacadas se encuentran las ranas punta de flecha, sapos gigantes como los gualag, chugchumamas, ranas arborícolas y marsupiales, los cocodrilos, caimanes, tortugas terrestres y acuáticas, camaleones sudamericanos, lagartijas andinas, geckos, iguanas, serpientes gigantes como las boas y anacondas, víboras muy venenosas, culebras inofensivas y de colores muy llamativos, pirañas, cachamas, arawanas, bagres y peces del fondo de los ríos amazónicos, así como también tarántulas gigantes, arañas, escorpiones y caracoles.

A continuación un listado de las especies manejadas y exhibidas:
CLASE: PECES
Aequidens rivulatus – Vieja Azul
Aequidens sp. – Vieja Colorada
Astronotus ocelatus – Oscar
Cíclidos híbridos – Pico de loro
Colossoma gigas – Cachamas
Corydora aeneus – Corydora común
Leporinus faciatus – Pez Leporino o Abejas
Loricaria filamentosa – Loricaria o pez Cucha
Paracheirodon innesi – Pez Neón
Pimelodella gracilis – Pez Gato rayado
Pimelodella puntacta – Pez Gato Punteado
Plecostomus plecostomus – Raspabalsas punteado
Pterophyllum scalare – Pez Angel o Escalar
Serrasalmus nattereri – Piraña Roja
Siluriformes – Bagre Bansho
Tetra aequatorialis – Sardina de agua dulce
Tilapia tilapia – Tilapia dorada y rosada
CLASE: ANFIBIOS
Ambystoma mexicanus – Ajolotes mexicanos o Perros de Agua
Atelopus nanay – Jambato negro del Cajas
Bufo marinus – Sapo Chugchumama
Epipedobates anthony – Rana Punta de Flecha Fantasma
Gastrotheca litonedis – Rana Marsupial del Azuay
Gastrotheca pseustes – Rana Marsupial Paramera
Gastrotheca pseustes – Rana Marsupial Paramera
Hyla lanciformis – Rana cabeza punta de lanza
Hyloxalus vertebralis -Punta de Flecha Andina de los Potreros
Leptodactylus pentadactylus – Sapo Gualag
Pristimantis philipi – Sapito de goma
Pristimantis phoxocephalus – Sapo de goma arborícola
CLASE: REPTILES
Crocodylus acutus - Cocodrilo Narigudo de la Costa o Lagarto”
Chelydra serpentina – Tortuga Mordedora
Kinosternon scorpioides – Tortuga Taparrabo
Podocnemis unifilis – Tortuga Charapa
Rhinoclemmys annulata – Tortuga patiamarilla de Bosque
Rhinoclemmys melanosterna – Tortuga patinaranja de Pantano
Trachemys scripta – Tortuga Jicotea
Chelonoidis denticulata – Tortuga Motelo
Gonatodes cuncinatus – Gecko diurno de Guayaquil
Iguana iguana – Iguana Verde
Polychrus gutturosus – Falso Camaleón
Sternocercus festae – Lagartija de Tierra o Guagsa
Boa constrictor constrictor – Boa Constrictor Amazónica
Boa constrictor imperator – Boa constrictor del Pacifico
Corallus hortulanus – Boa arboricola Amazónica
Corallus caninus – Boa Esmeralda
Epicrates cenchria – Boa Arcoiris
Bothriechis schlegeli – Vibora Pestañuda o Cabeza de Candado
Bothriopsis taeniata – Vibora Moteada de Árbol
Bothrocophias pulcher – Víbora Papagayo
Bothrocophias microphthalmus – Víbora Jergón Pudridora
Bothrops asper – Víbora Equis
Bothrops atrox – Víbora Hoja Podrida
Lachesis muta muta – Cascabel Muda o Señora del Monte
Chironius grandiscuamis – Culebra Chonta Tigre
Drymarchon corais melanurus – Culebra Guaso
Pseustes shopshirei – Culebra Estrella
Pseustes sulfureus sulfureus – Culebra Tankanapi
Leptodeira septentrionalis – Culebra Ojo de Gato o falsa vibora equis
Lampropeltis triangulum - Falsa Coral
Oxybelis aeneus - Cordoncillo
CLASE: INVERTEBRADOS
Achetta domestica – Grillos Cuencanos
Colembola – Colembolas Andinas
Gasteropoda – Caracol pequeño terrestre
Pamphobetus sp. – Tarántula de Cuenca
Pamphobetus sp. – Tarántula negra
Scaradidae – Escarabajos Gorgojos
Tenebrio molittor – Escarabajos Tenebrios o gusanos de la harina
Fotografías: (c) Diego Toral Abad